深圳租车违章的处理方式如下：
驾驶人需要携带车辆行驶证、个人身份证和驾驶证到当地车管所或交警大队处理违章。
可以选择到违章地处理或车牌所在地处理违章。
如果不自行处理违章，租车公司会扣除租车押金。
承租驾驶人可以登录“交管12123”APP，点击【租赁车违法处理】功能，进入租赁车交通违法处理流程。
选择租赁合同后，可以查询和处理租赁合同期间的交通违法记录。
在APP内选择需要处理的交通违法记录，点击【处理并缴款】即可网上直接处理并缴纳罚款。
租车公司可以代处理违章，但需要支付相应的费用，包括违章罚款、代办服务费及可能的违章违约金。
租车公司处理违章时，驾驶人需要提供行驶证原件、驾驶证及租车合同。
如果违章记录未消除，驾驶人可以携带缴款单去交警队法制科说明情况。
某些租赁企业已与公安交管部门实现对接，驾驶人可以直接在线处理违章，未对接的企业则需要前往线下处理。
建议：
驾驶人可以根据自身情况选择最便捷的违章处理方式，如方便的话，可通过交管12123APP在线处理，节省时间和精力。
若选择通过租车公司处理，请提前咨询租车公司的具体要求和费用，以避免不必要的麻烦。