如果公司扣款过多，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
首先，与公司的人力资源部门或财务部门进行沟通，了解扣款的具体原因和依据，并尝试协商解决。
如果沟通无果，可以准备相关证据（如工资单、扣款通知等）并向劳动争议调解委员会申请调解。
仔细查阅公司的规章制度和劳动合同，确认是否有关于扣款的合法规定及相关程序。如果公司违反规定扣钱，可以据此提出质疑。
保存好所有可能与扣款相关的证据，如工资条、考勤记录、工作安排等，以备可能的纠纷处理。
如果公司有工会组织，可以向工会反映情况，寻求帮助和协调。
向当地劳动监察大队举报公司的不合理扣款行为，要求其进行调查处理。
如果无法通过其他途径解决问题，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司返还不合理扣除的款项。
如果对仲裁结果不满意，可以在拿到仲裁书后15天之内向法院提起诉讼，要求公司承担相应责任。
在整个过程中，务必注意收集和保留好相关证据，以便更好地维护自己的权益。如果问题较为复杂，可以寻求专业律师的帮助，获取更全面、更有针对性的法律建议。