如果您的车辆被套牌并发生了违章，您可以按照以下步骤处理：
向您的机动车注册所在地的交警部门举报备案。交警部门在受理后会立即展开调查，确认车主的车辆是否真正被套牌。
收集能证明自己车辆位置的证据，例如车辆外观的照片、停车小票、高速收费小票、行车记录仪、停车场和小区的监控录像等。
在收集到足够的证据后，您可以到交管部门提出车辆被套牌的申诉。您可以选择车辆登记所在地的交管部门申诉，也可以去违章所在地进行申诉。
申诉成功后，交管部门会给您开具一个车辆被套牌说明。凭这个说明，您可以到车管所申请更换牌号。如果您不申请更换牌号，每次套牌车给您惹事生非后，您都需要提供证明材料跑一次交管来证明自己的清白。
在购买汽车保险、送车辆到维修厂进行维修保养时，一定要注意妥善保管好自己的资料，确保车辆行驶证件不轻易外泄给他人。车辆所有人信息证件、车辆合格证、发票、保险凭证、购车销售证明等原件一定要妥善保管。
如果交通管理部门要求您驾驶被套牌车辆到场接受检查，您应当积极配合，带上行驶本、驾驶本、身份证等证件。如果不开车，也要带好相关证件本人到场。
如果套牌车给您造成了损失，您可以依据《中华人民共和国道路交通安全法》等相关法律，向法院提起侵权诉讼，要求套牌人承担赔偿责任。
通过以上步骤，您可以有效地处理车辆被套牌并发生违章的问题，保护自己的合法权益。