密件遗失的处理方法取决于密件的类型和重要性。以下是详细的处理步骤和建议：
国家密件：若丢失的是国家密件，需按泄密处理。根据《中华人民共和国保守国家秘密法》第四十九条，机关、单位发生重大泄密案件的，将依法对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予处分。
信件密件：若丢失的是普通信件密件，处理方式如下：
保价邮件：若丢失或全部毁损，按照保价额赔偿；若部分损毁或内件短少，按照保价额与邮件全部价值的比例赔偿。赔偿总额不得超过所支付邮资费用的三倍。
未保价邮件：若丢失、损毁或内件短少，按照实际损失赔偿，但最高赔偿额不超过所收取资费的三倍。
向公安部门报警：直接向公安部门报告，请求协助找回密件。同时，向本单位领导汇报文件丢失的原因。
向保密行政管理部门报告：若涉及国家密件，需向保密行政管理部门报告，由保密行政管理部门督促其主管部门予以处理。
数据恢复：如果密件是电子文件且尚未被覆盖，可以尝试使用数据恢复软件（如易我数据恢复软件）进行恢复。若数据恢复软件无法找回文件，可以考虑寻求专业的数据恢复服务。
物理销毁：对于纸质密件，应使用粉碎机等设备将其切碎成小颗粒，确保无法重新组装和恢复。对于电子文件，应采用数据删除工具彻底擦除文件内容，防止数据恢复。
加大保密教育力度：提高自身对涉密文件资料保密管理的认识和防范能力，确保不再发生类似事件。
完善保密制度：机关、单位应建立健全保密管理制度，确保密件在存储、传输和使用过程中得到严格保护。
内部处分：对于因过失导致密件丢失的人员，机关、单位应依法予以处分，情节严重者可能面临开除等处罚。
法律追责：若密件丢失构成犯罪，将转送相关执法部门处理，依法追究泄密者的刑事责任。
通过以上步骤，可以有效应对密件遗失的情况，减少损失，并防止类似事件再次发生。