文明施工费的计算方法如下：
文明施工费 = 工程造价 × 文明施工费费率（%）。
文明施工费费率 = 本项费用年度平均支出 ÷ （全年建安产值 × 直接工程费占总造价比例）。
文明施工费通常包括环境保护费、临时设施费、夜间施工费、缩短工期增加费、二次搬运费、已完工程及设备保护费、其他施工组织措施费等。
建设工程安全文明施工费为不可竞争费用，在编制设计概算、施工图预算、招标控制价时应足额计取。安全文明施工费费率按基本费费率加现场评价费最高费率计列。
对于有特殊要求和危险性较大的工程，超过相关技术标准与本办法规定的标准，以及采用BIM等新技术进行安全文明施工协同管理，需增加相应措施费的，招标人应在编制工程量清单、招标控制价时单独列项和计算费用，投标人应在投标时根据招标人的要求和工程特点结合投标施工组织设计或施工方案在措施项目中单独报价。
建议在实际应用中，根据具体的工程情况和相关标准，确定文明施工费的费率，并严格按照规定进行费用的计算和计取。