如果您的日本护照丢失了，可以按照以下步骤进行处理：
前往您丢失护照的附近警察署或交番（警察亭）报案，并获取警察出具的遗失证明书（如遗失届出証明書等）。
警察署出具的【受理番号】。
登录原票记载事项证明书（由所在地区役所或市役所出具，3个月内有效）。
在留卡的复印件（如果有的话）。
近期正面免冠彩色半身护照照片2张（光面相纸，尺寸为30毫米x40毫米）。
详细写明丢失经过的书面报告，内容包括原护照的发照单位、时间、护照号码及出入境等情况。
填写《中华人民共和国护照/旅行证/海员证/回国证明申请表》。
携带上述材料前往中国驻日本大使馆或领事馆，申请挂失和补发新护照。
自申请之日起，三个月之后可到大使馆或领事馆询问有关办理情况和进度。
如果被批准补发护照，在接到使馆通知后，请持领证单按指定的时间到大使馆或领事馆领取护照。
报案并获取证明。
准备必要材料，包括新护照、遗失登录证的书面报告或公安部门出具的遗失登记或失窃登记书面报告、近期免冠正面上半身照片2张（光面相纸，尺寸为30毫米x40毫米）。
填写好的在留ｶｰド再交付申請書（可从入管局网站下载并打印，或现场填写）。
前往入管局申请补办。
注意事项
丢失护照后应尽快补办，以免影响在日本的合法居留和生活。
妥善保管好新的护照和在留卡，避免再次丢失。
如果需要使用护照，可以申办旅行证作为临时替代。
请确保按照上述步骤及时办理相关手续，并在补办过程中保持与中国驻日领事馆的沟通，以便及时了解办理进度和领取新护照的相关信息。