内部控制审计风险主要包括以下几个方面：
内部控制审计的固有风险是由内部控制本身决定的，由于内部控制是一个过程，受人的影响，涉及企业各层次的人员，因此只能提供合理的保证，而非绝对的保证。
包括内部控制设计的不充分或者不合理，以及设计合理的内部控制没有按照要求被充分执行，或者虽然设计合理并且表面执行充分，但由于缺乏必要的授权或资格而在实质上不符合规范，或没有对内控的执行进行恰当的监督，导致内部控制无法真正有效的运行。
由于审计人员对内部控制的评价可能存在偏差，导致出具了不恰当的审计意见和结论。
内部审计人员由于身份和立场的局限性，可能无法完全独立地开展工作，从而影响审计结果的客观性和准确性。
由于企业单位的经营活动可能与国家利益不一致，内部审计无法扮演两个监审角色，导致审计范围受限。
审计人员的业务水平和专业素质不高，可能导致审计质量不高，从而增加审计风险。
获取的信息不完整或信息反馈错误，可能影响审计人员对内部控制的准确评估。
分析手段落后，结论缺少科学性和正确性，可能导致审计结果不准确。
许多痕迹在电算化下消失，一些传统审计线索逐步消失，增加了审计的难度。
评价不适、用词不当等，可能导致审计意见和结论不恰当。
内部审计机构的独立性不够，内部审计人员的业务不精，内部审计方法的科学性不强，内部审计管理的制度不健全等，都可能导致审计风险。
企业面临的合规风险也越来越大，内部审计负责对企业的合规性进行审计，确保企业的经营活动符合法律法规的要求，如果企业未能遵守相关法规，可能导致严重的法律后果。
企业在开发过程中需要办理各种政府手续，这些手续的办理往往依赖于人际关系，存在外联风险。
企业内部可能存在舞弊行为，如偷税漏税、欺压供应商、隐瞒质量等，内部审计人员可能难以发现这些行为，导致审计风险。
这些风险因素相互交织，共同影响着内部控制审计的效果和准确性。为了降低这些风险，企业需要加强内部控制体系建设，提高审计人员的专业素质，完善审计手段和方法，确保审计结果的客观性和可靠性。