进口增值税的抵扣流程通常包括以下几个步骤：
在海关缴纳关税和增值税，并取得相应的缴款书。
根据货物明细和缴款书编制抵扣清单。
将抵扣清单录入税务局的采集软件中。
从采集软件中导出清单并存储到U盘或其他存储介质。
携带营业执照、增值税缴款书、抵扣清单纸质版和U盘，到税务局的办税大厅提交抵扣申请。
税务局根据提交的申请和清单进行审核和比对，数据正确后下达增值税的抵扣凭证。
公司凭税务局下达的增值税抵扣凭证进行增值税的抵扣。
请注意，根据相关规定，申请抵扣的期限是自缴款书开具之日起360天内，且必须在此期限内完成抵扣申请。