办理农村自建房房产证需要遵循以下流程和准备相关材料：
建房户向当地村委会提出建房申请，并提供相关证明材料，如身份证明、土地使用权证明等。
村委会或区委会审核申请并签字盖章。如果是农村自建房，还需要向乡镇人民政府或乡建办提出申请，这些机构会进行实地勘察并决定是否同意建房。
在获得批准后，建房户需要领取房屋建设申请表，并根据要求填写相关信息。
包括但不限于登记申请书、身份证明、宅基地使用权证明、房屋测绘报告、规划许可证等。
将所有准备好的材料提交给不动产登记中心或房管局，进行房产证的正式登记。
在完成上述步骤后，可能需要缴纳一定的费用，如登记费、测绘费等。
一旦审批通过并且所有手续完成，就可以领取房产证了。
注意事项：
申请人必须是本乡居民，户籍所在地是本地，符合一户一宅的制度，满足有建设房屋需求。
办理房产证时需要提交本人的户口本、身份证、建房申请证明等相关资料。
具体流程和所需材料可能因地区而异，建议在办理过程中咨询当地相关部门获取详细信息。
通过以上步骤和准备相关材料，可以顺利完成农村自建房的房产证办理。