当C1驾驶证被扣12分时，您需要按照以下步骤处理：
公安机关交通管理部门将扣留您的驾驶证，并开具强制措施凭证。
您需要按照规定参加道路交通安全法律、法规的学习，通常需要7天，总课时一般需在15天内完成。
完成学习后，您需要参加科目一考试。考试内容与新驾考学员相同，考试合格后，您的记分将被清零，并会发还您的驾驶证。
如果考试不合格，您需要重新参加学习和考试，直到通过为止。
如果您在实习期内发生道路交通安全违法行为被记满12分，注销您的实习准驾车型驾驶资格。
如果扣分是由于交通违法行为导致的，您可能还需要缴纳相应的罚款。
请注意，以上步骤可能因地区或具体情况有所不同，建议您咨询当地的公安机关交通管理部门获取最准确的信息。