工程施工毛利的记账方法遵循以下步骤：
合同毛利是工程施工的明细科目，计算公式为：合同毛利 = 工程结算 - 工程施工—合同成本。
当发生工程成本时，借记“工程施工—合同成本”科目，贷记相应的成本科目，如“原材料”、“应付职工薪酬”等。
当收到工程款项或确认工程结算时，借记“应收账款”科目，贷记“工程结算”科目。
当实际收到工程款时，借记“银行存款”科目，贷记“应收账款”科目。
根据工程的完工进度，按完工百分比法确认收入和结转成本。借记“主营业务成本”科目，贷记“主营业务收入”科目，并将工程施工—合同毛利（通常在借方）计入。
工程完工后，将“工程施工”科目的余额与“工程结算”科目对冲，以反映实际的毛利。
以上步骤体现了会计分录的基本原则，即将收入和成本分开记录，以清晰反映工程施工项目的财务状况和经营成果。需要注意的是，具体的会计处理可能因公司的会计政策和所在国家的会计准则而有所不同。