关于加班迟到的处理方式，不同的公司有不同的规定。以下是一些常见的情况和规定：
迟到一次可能扣500元，超过半小时按旷工处理，扣1000元。
迟到一分钟就扣钱，迟到时间越长，扣款越多，甚至可能超过员工当月工资的80%。
迟到或早退每分钟扣工资，超过半小时算请假处理。
加班费根据加班时间的长短有不同的标准，如工作日加班支付不低于工资的150%的工资报酬，休息日加班支付不低于工资的200%的工资报酬，法定节假日加班支付不低于工资的300%的工资报酬。
有些公司规定，只有在周日和法定节假日加班才算加班，其他时间加班不算加班工资，只能调休。
有些公司规定，加班需要提前申请，否则不支付加班费。
有些公司认为加班是理所当然的，迟到则是不可原谅的过错，因此对迟到和加班采取双重标准。
迟到可能会影响员工的加班补贴，因为公司可能认为员工已经获得了加班机会，不应再因迟到而获得额外补贴。
用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。
劳动者可以依据劳动法和本法的有关规定，要求用人单位补发其为了完成超过合理数量的劳动定额而加班工作的工资报酬。
建议
了解公司政策：首先，员工应当仔细阅读公司的加班和迟到管理制度，了解公司的具体规定。
沟通与协商：如果对公司的规定有疑问或不满，建议与直接上级或人力资源部门沟通，寻求合理的解释和处理。
保留证据：在遇到迟到扣款时，保留相关证据，如迟到记录、罚款通知等，以备将来可能出现的争议。
法律咨询：如果认为公司的规定违反了劳动法，可以咨询专业的劳动法律师，了解自己的权益和可能的法律途径。
希望这些信息对你有所帮助。