公司牌照违章的处理方式如下：
被路面执勤民警当场开具简易处罚决定书的，违法行为人需持决定书第三联（交银行联）于开具之日起十五日内前往银行缴纳罚款。逾期不缴纳的，每日按罚款数额的3%加处罚款，加处罚款总额不得超出罚款数额。
机动车因交通违法行为被电子监控设备记录违法信息的，违法行为人或车辆所有人、管理人可在获知违法信息后持本人驾驶证和车辆行驶证，前往交警大队处罚教育室窗口接受处理。
因交通违法行为被路面执勤民警依法扣留机动车的，违法行为人应持车辆扣留凭证、本人驾驶证（驾驶证被依法扣留的和无驾驶证的持本人身份证）和机动车行驶证（或发票和合格证）15日内到交警大队处罚教育室窗口接受处理。
需要由实际违章的员工去车管所处理，带上驾驶证及身份证，缴纳罚款办理扣分手续。处理时需要携带行驶证原件、驾驶证原件、身份证原件。
无论是现场还是非现场处罚，违法行为人都应在收到处罚决定书之日起十五日内，到指定的代收机构缴纳罚款。逾期不缴纳的，每日按罚款数额的百分之三加处罚款。
当事人对公安机关交通管理部门及其交通民警作出的处罚决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。上一级公安机关交通管理部门应当及时确定管辖主体，并通知争议各方。
目前支付宝已经提供了异地违章的处理通道，但办理异地服务违章处理会收取一定的服务费。
如果公司车辆有多次违章记录，可以在网上绑定多个驾驶证进行处理，但一辆车最多只能有三个驾驶证绑定，一个驾驶证最多只能绑定三辆车。绑定可以在车管所当面办理，也能在交管12123APP上绑定。
建议：
公司应明确违章处理的责任人，并要求其按照上述规定及时处理违章事宜，以避免不必要的罚款和法律责任。同时，公司也可以考虑通过交管12123APP等便捷方式，方便员工处理违章记录。