设计合同的印花税缴纳方法如下：
设计合同的印花税税率是万分之三。
建设工程勘察设计合同（包括勘察、设计）的印花税税率是万分之五。
直接缴纳：在签订合同或执行合同过程中，当场交纳印花税。
财政服务中心代缴：在财政服务中心设立缴款点，按规定时间和方式通过财政服务中心缴纳印花税。
电子税务局代缴：增值税一般纳税人可以通过电子税务局代缴合同印花税。
设计合同的印花税应直接贴在应税合同上，不论合同正面或反面。贴花后，印花税票一定要画销，画销后才算完成印花税的缴纳，且不能揭下重用。
例如，若合同金额为360万元，则应缴纳印花税为360万元 × 0.0003 = 1080元。
印花税的计算可以按合同所载金额、报酬、使用费的金额依率计税。
对于技术合同，还需考虑个人所得税和企业所得税的征收。
建议在设计合同时，明确印花税的具体缴纳方式和时间，以确保合规并避免不必要的税务风险。