垫付出资在特定情况下是合法的，主要原因如下：
垫付出资是市场经济中的一种常见做法，反映了市场主体在资源配置中的自主选择。
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第六条，工程建设中允许垫资，且当事人对垫资和垫资利息有约定的，法院支持按照约定返还垫资及其利息。
垫资行为通常是发包人和承包人在自愿的基础上达成的协议，只要不违反国家法律的强制性规定，政府和法院不宜过多干涉。
股东替公司垫付资金属于债权行为，而股东出资是基于公司章程对公司的法定债务，两者在法律性质上有所不同。
垫资行为合法的条件包括：垫资合同反映了当事人的真实意思，是双方自愿实施的，且约定的利息计算标准不能高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率。
需要注意的是，垫付出资必须遵守相关法律法规，并且是在双方自愿、平等的基础上进行。如果垫付出资行为违反了法律规定，或者存在欺诈、胁迫等非法手段，那么这种行为是不合法的。