三方协议中的违约金条款通常由各方当事人协商确定，并应遵循以下原则：
如果合同中明确规定了违约金的具体数额或计算方法，则应按照合同约定的方式支付。
若合同中未约定违约金或约定不明确，应根据守约方因对方违约所遭受的实际损失来计算违约金。
当实际损失难以计算时，可以按照违约方因违约所获得的利益作为违约金的计算依据。
违约金数额应当公平合理，既不应过高也不应过低，通常以不超过实际损失的1至3倍为宜。
如果约定的违约金数额过高或过低，法院或仲裁机构可以根据当事人的请求进行调整。
若违约金数额协商不成，双方可以尝试通过友好协商的方式解决。
《中华人民共和国民法典》第五百八十五条规定了违约金的相关内容，包括违约金的数额和计算方法，以及法院或仲裁机构对违约金数额的调整权。
一旦三方协议正式生效，其中的违约金条款便具有法律效力，违约方通常需要按照协议约定支付违约金，除非公司同意免除。
请根据具体情况，参考以上原则来确定违约金的支付方式和数额。